A Fundação Florestal é uma autarquia vinculada à Secretaria de Estado de Meio Ambiente e passa a auxiliar o município em questões de conflito sobre a responsabilidade de atuação. O convênio sobre a gestão compartilhada também prevê ações conjuntas na Área de Proteção Ambiental - APA, como as do Banhado, de São Francisco Xavier e do Parque Natural Municipal do Banhado.

Todas as APAS envolvidas são unidades de conservação definidas por legislação estadual e municipal, com sobreposição de territórios, e são também alvo de especuladores imobiliários, corte de árvores, caça e queimadas criminosas.

Segundo a prefeitura, a atuação conjunta entre estado e município permitirá integrar as estratégias de proteção ambiental como o desenvolvimento e execução de planos de manejo, estruturação das sedes administrativas e execução de projetos de conservação ambiental. Os objetivos e metas expressos no plano de trabalho deste convênio serão desenvolvidos nos próximos três anos.

No escopo dos compromissos acordados, na APA São Francisco Xavier, situada na Serra da Mantiqueira e que possui um conselho gestor, o município fornecerá o espaço para abrigar a Sede Administrativa da Unidade. A prefeitura também integrará a implantação do Projeto Conexão Mata Atlântica, que visa à proteção dos serviços de clima e biodiversidade do corredor sudeste da Mata Atlântica.

O convênio pretende fortalecer as estratégias de pagamento por serviços ambientais e programas de restauração florestal e saneamento rural que estão sendo desenvolvidos na Bacia do Rio do Peixe, que fazem parte da APA São Francisco Xavier.

Situada dentro da área urbana, a APA Estadual do Banhado e Parque Natural do Banhado terá a implantação e estruturação de uma sede para sua administração. Na sequência será formado um conselho gestor ligando as duas unidades de conservação e com isso a elaboração de planos de manejo integrados.

Com isso, os planos de trabalho voltado ao manejo integrado destas unidades serão submetidos à Câmara Técnica de Compensação Ambiental do Estado com a liberação dos recursos do Termo de Compromisso de Compensação Ambiental - TCCA, vinculado a refinaria da Petrobras existente na cidade.

Dentro desta colaboração mútua se encontra a realização de um plano de prevenção e combate aos incêndios florestais. Somente em julho houve um aumento de 70% no número de queimadas se comparado ao ano anterior, algo agora que passa a ser de responsabilidade das duas esferas governamentais.

As Unidades de Conservação de Uso Sustentável, nas quais se encaixam as APA de São Francisco Xavier e a APA do Banhado e as Unidades de Conservação de Proteção Integral, como o Parque Natural Municipal do Banhado foram criadas em 2002, por lei estadual. Essas áreas também são protegidas por leis municipais.